Diubah dengan :

1. UU No. 2 Tahun 2021 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua
   
2. UU No. 35 Tahun 2008 tentang Penetapan Peraturan Pemerintah Pengganti Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2008 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua Menjadi Undang-Undang
   

Telah dilakukan uji materiil oleh MK dengan putusan sebagai berikut:

• 116/PUU-VII/2009
  a. Pasal 6 ayat (2) Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua sepanjang frasa ”berdasarkan peraturan perundangundangan” adalah inkonstitusional dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat kecuali frasa ”berdasarkan peraturan perundang-undangan” dalam pasal a quo diartikan “berdasarkan Peraturan Daerah Khusus.” b. keanggotaan Dewan Perwakilan Rakyat Papua periode 20092014 sebanyak 56 (lima puluh enam) anggota sah menurut hukum, ditambah 11 (sebelas) anggota yang diangkat berdasarkan Peraturan Daerah Khusus sebagaimana amar putusan ini dan berlaku hanya sekali (einmalig) untuk periode 2009-2014
• 29/PUU-IX/2011
  Pasal 20 ayat (1) huruf a Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua adalah bertentangan dengan UUD NRI Tahun 1945 dan tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat sepanjang tidak dimaknai bahwa pertimbangan dan persetujuan Majelis Rakyat Papua mengenai status seseorang sebagai orang asli Papua sebagaimana dimaksud Pasal 1 huruf t Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Bagi Provinsi Papua, yang bakal menjadi calon gubernur dan/atau calon wakil gubernur, adalah berdasarkan pengakuan dari suku asli di Papua asal bakal calon gubernur dan/atau wakil gubernur yang bersangkutan